Kecamatan Balige terdiri atas 29 Desa dan 6 Kelurahan serta terbagi atas 100 dusun dan 31 Lingkungan dimana masing-masing desa dipimpin oleh seorang kepala desa dan kelurahan dipimpin oleh Lurah. Dari 29 desa di Kecamatan Balige, 22 desa diantaranya memiliki Sekretaris Desa berstatus PNS, dan 7 desa memiliki Sekretaris Desa hasil perektrutan perangkat Desa sesua Peraturan Daerah Nomor 4 Tahun 2016